违法占用耕地建厂房的处理方式如下：

1. 由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的耕地；

2. 限期拆除在耕地上新建的厂房和其他设施，恢复土地原状；

3. 如果构成犯罪的，依法追究刑事责任；

4. 非法占用基本农田5亩以上或其他耕地10亩以上，涉嫌非法占用农用地罪，要依法追究刑事责任。

耕地保护的法律法规：

1、《土地管理法》：规定了耕地保护的基本原则和耕地占用的限制；

2、《土地管理法实施条例》：对耕地保护和违法用地的处罚等进行了具体规定；

3、《农业法》：强调了农业可持续发展和耕地保护的重要性；

4、《环境保护法》：涉及到土地利用与环境保护的关系，对违法用地可能产生的环境影响有所规定；

5、《城乡规划法》：对土地的规划使用提出要求，违反规划使用土地的行为将受到法律制裁；

6、《国土资源部关于严格耕地保护和节约集约用地的通知》：明确了耕地保护的具体措施和要求。

综上所述，处理违法占用耕地建厂房的方式包括：责令退还非法占用的耕地，限期拆除非法建筑并恢复土地原状，对构成犯罪的行为依法追究刑事责任，特别是非法占用基本农田5亩以上或其他耕地10亩以上的，涉嫌非法占用农用地罪，将面临刑事追责。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》

第四十四条

建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。久基本农田转为建设用地的，国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次按照国务院规定由原批准土地利用总体规划的机关或者其授权的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外，将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，由国务院或者国务院授权的省、自治区 直辖市人民政府批准。