法律分析：目前，宅基地使用证变更工作程序：审查证件→情况调查→测量尺寸→填写报表→上报审批→发证变更基本条件：1、申请人户口必须在本村2、申请人户口必须是农业户口3、申请人及家属必须没有宅基地使用证。需提交资料1、户口簿原件、复印件、身份证复印件一份(A4纸)2、当地公安局派出所的证明3、申请书一份、委托书一份4、宅基地使用权登记表5、原土地登记卡二件，原宅基地使用证原件6、更正后填写的土地登记卡三张。

法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。

农村宅基地改到儿子名下流程：

1、首先让农村父亲找到当地土地管理部门，申请更改宅基地名字；

2、其次填写变更宅基地登记申请书，写上儿子的名字、提供证明材料、说明变更使用人的依据和内容，根据宅基地变更登记申请的内容项目进行实地调查，审核权属进行地籍测量；

3、最后审核通过即可更换成功。

农村审批宅基地程序如下：

1、向村委会提出申请，村委会审议并公布；

2、上报至乡镇人民政府；

3、进行现场勘查和群众调查；

4、符合审批条件的，核发宅基地使用权证。

综上所述，农村宅基地不可以通过协议来变更使用权人的，正确的途径是在得到家庭成员的认可下，到当地土地管理部门申请办理“农村宅基地使用权证”的变更登记手续。原户主的变更申请，新户主的过户申请，双方签订的有关房屋赠与或者买卖协议，双方的户口本及身份证明，村委会出具的有关证明原户主持有的原土地证等到所在地国土资源所申请变更登记。宅基地使用权的转让和变更必须是与房屋的所有权一起进行，单独的宅基地使用权不存在转让行为。农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》第十一条

农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。