两者存在病种和待遇方面的区别，具体内容如下：

一、 病种方面：

1.慢性病病种包括：高血压、糖尿病、前列腺增生、癫痫、慢性肾功能衰竭、帕金森、系统性红斑狼疮、再生障碍性贫血；

2.特殊重大疾病病种包含：恶性肿瘤门诊放化疗、非放化疗、器官移植后抗排异、精神病、儿童先心病、慢性病毒性肝炎、血友病、运动神经元延髓麻痹症、豆核病、结缔组织类疾病、重症银屑病、慢性肾功能衰竭血液透析。

二、待遇方面：

1.符合医保报销范围的门诊费用年度最高补偿限额按申报的病种限额相应执行。（如：高血压：2200元；糖尿病2200元）

2.慢性病门诊报销范围仅限本市定点医疗机构，而特殊重大疾病门诊报销范围无此限定，增加了市外定点医疗机构门诊待遇。

3. 特殊重大疾病门诊费用可纳入大病保险计算，异地门诊可办理异地就医直接刷卡报销，慢性病门诊无此待遇。

慢性病诊疗费用在一个年度内一个病种超过500元，二个病种超过700元在医保范围内，医保基金按60%报销，大病医疗保险报销范围：在发生超过基本医疗统筹基金最高支付限额以上的医疗费用，由社会保险部门按：0-4万元以下报销85%，4万元-8万元以下报销90%。

特病报销比例如下：

1、一级医疗机构进行住院治疗，报销比例为90%；

2、二级医疗机构的报销比例为80%；

3、三级医疗机构的报销比例在60%左右。

办理特殊病种人员，可至我市二级及以上的定点医疗机构直接办理。办理慢性病种人员，可至基层医疗卫生机构或市内二级及以上医疗机构直接办理。特殊病种认定后次日生效，慢性病种备案后即生效。特殊病种人员，在丽水市内二级及以上定点医疗机构或基层（签约）医疗机构门诊就诊，可持社会保障卡和特殊病种专用病历直接刷卡结算。在市外二级及以上医疗机构或社区卫生服务机构门诊就诊的特殊病种医疗费用，请务必自费结算后，按规定申请报销。

慢性病种人员，可在市内定点医疗机构直接刷卡结算，也可以凭定点医疗机构外配处方或浙江省互联网医院平台电子处方，前往市内慢性病定点药店刷卡购药。

特殊病种是指病程较长，符合住院条件而又可在门诊治疗的疾病，需长期依靠药物维持病情稳定的慢性疾病，如恶性肿瘤需放射治疗和化学治疗、肾功能不全需长期肾透析治疗、肾移植术后需长期服用抗排异药治疗等疾病。

慢性疾病泛指所有起病缓慢或病程迁延6个月以上的疾病，因此特殊病种是慢性疾病的特殊类型。需要注意的是，某些慢性疾病在达到一定条件后，可以变为特殊病种，例如高血压、糖尿病，如果合并有心、脑、肾、眼等部位的并发症，可以由慢性疾病变为特殊病种。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》

第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。

第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。

第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。