农村自建房土地证的办理流程如下：

1、申请人持申请材料向当地村委会提出申请。

2、乡(镇)人民政府组织国土资源所现场勘查和群众调查，制作勘查笔录和审查意见书。

3、国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》。

4、村委会对申请人提交的申请表进行审查并签署意见，由负责人签字盖章后报乡(镇)人民政府审核。

5、乡(镇)人民政府审核材料并现场确定规划用地范围，报县国土资源局初审。符合审批条件的上报县人民政府。

6、县人民政府批准用地，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》。

7、由国土资源所牵头协同乡镇政府人员实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人签字。

8、自房屋竣工验收合格之日起30个工作日内依法申请办理土地初始登记和房屋产权登记手续，领取土地使用权证书和房屋所有权证书。

法律依据

《城市房地产管理法》第六十条，国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。