在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。

《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定：自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。可见前提是“国家有关政策”，目前补充养老保险（年金）的国家政策是2004年5月1日开始施行的《企业年金试行办法》，而补充医疗保险则由各地省市政府出台相关规定。无论是哪项政策，都强调了两险需分别以社会养老保险和社会医疗保险为基础，即只有在缴纳了社会养老保险与社会医疗保险后才可以参保两险

根据《企业所得税法实施条例》第35条规定：企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。

27号文特别强调了“全体员工”，即参保两险的必须是全体员工，而非只为公司中高层投保，只为一部分人投保的两险不得根据27号文限额扣除，而应视作商业保险，不得扣除，作纳税调增处理。

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