药店申请开通医保卡流程具体如下：

1、药店向医保行政部门提出申请；

2、审核评估：医保行政部门通过审核书面材料和实地察看等方式，对申报的零售药店进行评估；

3、结果公示：评估结果在各医疗保障局官网、微信公众号公示；

4、协议签订：医保经办机构与新增定点零售药店签订服务协议。

药店医保申请条件：

1、医保管理制度要求，包括配备相应医保管理人员等；

2、医保有关财务制度要求。真实记录医保目录的药品、耗材的“进销存”情况；

3、完善统计信息管理，按要求报送医保结算有关信息及数据等；

4、与医保信息系统有效对接，为参保人提供直接联网结算。设立医保药品、诊疗项目、医疗服务设施、医用耗材、疾病病种等基础数据库，按规定使用国家统一的医保编码；

5、严格执行医保药品、耗材、医疗服务项目等目录，控制患者自费比例，提高医保基金使用效率等。

医保卡首次激活的办法有两种：

1、定点药店激活：持卡人可以携带医保卡到药店，按要求先插入医保卡，输入原始六位密码（身份证后六位），然后按提示修改密码，修改完成后即可激活；

2、在合作银行网点激活：持卡人可以携带身份证、医保卡等，前往当地医保卡合作银行营业厅网点，在柜台人员的帮助下，办理开卡手续，设置医保卡密码后，即可成功激活。

综上所述，药店申请开通医保卡提供所需资料后，交当地医保处备案审批资格，安装医保机后使用。具体正规程序以当地医保处为主。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》第二十九条

参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。

社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。